О необходимости униатского женского православного монастыря с начала 17 века докладывали могилевские епископы киевскому владыке. Аргументируя тем, что земля могилевская много терпит от разорения врагом и десятки православных вдов видных фамилий нуждаются в духовном утешении.
Великий князь Литовский Владислав IV согласовал выделение земли под женский православный монастырь. В 1637 году даже была построена временная деревянная церковь, уничтоженная запорожскими казаками при взятии Могилева. Каменный монастырский комплекс, в стиле «барокко» с большим храмом Святого Николая построен и освящен к 1672 году.
Во время Северной Войны монастырь был вначале ограблен шведскими войсками, а спустя несколько месяцев разрушен и подожжен. В 1719 году могилевский епископ принимает решение перевести инокинь из полуразрушенного здания монастыря в обитель находящуюся недалеко от Быхова. После присоединения Могилева к Российской Империи, монастырский комплекс был передан Московскому патриархату, тогда же было начато строение зимнего отапливаемого храма – Онуфриевского.
С 1937 по 1941 годы в монастырском комплексе находилась пересыльная политическая тюрьма. В 1941 году при отступлении советских войск во дворе монастыря производились массовые казни белорусской интеллигенции. В 1991 году при проведении реставрационных работ были обнаружены многочисленные захоронения.
Свято-Никольский монастырь является действующим с 1996 года. Кроме духовной ценности, в реестр особо ценных объектов ЮНЕСКО включен Свято-Никольский Собор, как яркий образец местного барокко. Следует обратить внимание на резной иконостас, который по тонкости работы и орнаменту, использованном в резьбе, повторяет знаменитый деревянный иконостас Новодевичьего монастыря в Москве.